سنت فلسفی یونان باستان و تجارب صنعتگران مصر باستان در زمینه ی شناخت و کاربرد مواد در زمینه های گوناگون در اسکندریه مصر(شهری که به وسیله اسکندر کبیر در 331 ق.م. بنا شد) با هم جمع شدند و حاصل تلفیق آنها کیمیاگری بود. کیمیاگران اولیه برای ابداع نظریه هایی درباره ی ماده از روشهای مصری برای به کارگیری مواد استفاده می کردند.
کتابهایی که در اسکندریه نوشته شده (قدیمیترین آثار مربوط به شیمی حاوی نمودارهایی از اسبابهای شیمیایی و توصیفهایی از بسیاری اعمال آزمایشگاهی (مثلا تقطیر،شلوروتضعید) است.در آن بخش از کیمیاگری که جنبه ی فلسفی دارد مشاهده می کنیم که عناصری از ستاره شناسی و عرفان اقتباس شده و با نظریه های یونان قدیم تلفیق گشته است. توجه اصلی کیمیاگران به استحاله فلزات پست،از قبیل آهن وسرب به فلزنجیب یعنی طلا بوده است. آنان باور داشتند که یک فلزمی تواند با تغییرکیفیات (به ویژه رنگ آن) تغییرپذیرد وچنین تغییراتی در طبیعت صورت می گیرد.فلزات می کوشند تا همچون طلا کامل شوند.همچنین آنان باور داشتند که این گونه تغییرات ممکن است بوسیله مقدار بسیاراندکی از یک عامل استحاله کننده قوی (که بعد ها سنگ فیلسوفان نامیده شد)ایجاد شود.
درسده هفتم میلادی مسلمانان مراکز تمدن هلنی (از جمله مصردر640 میلادی)را تسخیرکردند وکیمیاگری به دست آنان افتاد.متون پویانی به عربی ترجمه وبه عنوان اساس کار کیمیاگران اسلامی به کار گرفته شد.مسلمانان سنگ فیلسوفان را الاکسیر نامیدند.کیمیا در فرهنگ اسلامی به صورت الکیمیا درآمده است.بعد ها با انتقال فرهنگ اسلامی به اروپای قرون وسطایی ،این واژه به همین صورت در زبانهای اروپایی وارد شد.
کیمیاگران اسلامی باور داشتند که الاکسیرنه تنها می تواند موجب نجابت واستحاله فلزات به طلا شود بلکه همچنین می تواند با شفا بخشی تمام بیماریها موجب نجابت حیات شود.درسده های بعد ،دو هدف اصلی کیمیاگری استحاله فلزات نسبت به طلا و کشف اکسیر حیات بود.اکسیری که بتواند با جلوگیری ازمرگ برای انسان حیات جاوید فراهم آورد.حضرت امام محمد باقر(ع) موسس دانشگاه اسلامی ،نخستین کسی بود که عقیده به عنصرهای چهارگانه ،آب،آتش،خاک و باد را رد کرد.ازفرمایشهای ایشان است که «من تعجب می کنم مردی چون ارسطو چگونه متوجه نشده بود که خاک یک عنصر نیست،بلکه عنصرهای متعددی درآن وجود دارد.ما وی هزر سال پیش از پرسنلی ،لاووازیه و...دریافته بود که درآب چیزی است که می سوزد.(که امروزه آن را H هیدروژن می نامند) تاسیس نخستین دانشگاه اسلامی همان طورکه در بالا ذکر شد به دست مبارک حضرت امام محمد باقر (ع) آغازشد وتوسط امام جعفرصادق (ع)توسعه یافت.واین دانشگاه اسلامی تازه تاسیس را رونق داده وآن رابه صورت مرکز دانش اندوزی وکسب مهارتهای علمی وعملی درآورد.ازویژگی های این دانشگاه توجه آن به مسئله تخصص وتربیت متخصص بود.این دانشگاه نخستین دانشگاهی بود که تخصص وتقوا را به هم آمیخته بود.
جابرحیان کیمیاگرایرانی با پشتکارفروان،آزادی رای وانتقال فکری وقدرت تحمل سختیهای بسیارتوانست در بیشتر رشته های علمی ازحضرت امام جعفر صادق (ع)بهره بگیرد وبه پژوهش بپردازد.ودرزمره بهترین وشایسته ترین شاگردان امام در آید.ولی تمام موفقیتهای خود را در تحصیل مدیون استاد عالی قدرخود حضرت امام جعفرصادق (ع)می داند.
یکی دیگر از شاگردان مکتب علمی اسلامی زکریای رازی است که از دانشمندان به نام مسلمان می باشد.مهم ترین کارعلمی ولی کشف ---- الکل یا اتانول است که یکی از ترکیبات مهم گروه الکلها درشیمی آلی است.الکل دارای استخوان بندی حامل استخلاف OH هستند این استخلاف به گروه هیدروکسی موسوم است.الکلها را می توان به عنوان مشتقات آب در نظر گرفت.که درآن یک H(هیدروژن)با یک گروه آکلیل تعوض شده است.
کارهای علمی زکریای رازی سالها درمحافل علمی اروپا به عنوان منبع درسی برای علم شیمی تدریس می شد وپایه بسیاری از کارهای علمی در زمینه شیمی در آینده شده است.اتانول درعلم پزشکی به عنوان یک ضدعفونی کننده مهم مورد استفاده قرار می گیرد.درسده های دوازدهم وسیزدهم،کیمیاگری به تدریج به اروپا راه یافت وآثار عربی به لاتین برگردانده شده غالب ترجمه ها در اسپانیا به عمل می آمد،جایی که پس ازتسلط مسلمانان درسده هشتم فرهنگی وابسته به اهالی شمال آفریکا درآنها برقرار شده ،---- از شیمی پزشکی ،شاخه ای از کیمیاگری که با پزشکی سروکار دارد.در سده های 6و7 شکوفایی یافت اما به طور کلی ،کیمیاگران اروپایی چندان نکات تازه ای به نظریه کیمیاگری نیفزودند.آثارآنان از این لحاظ اهمیت دارد که بدنه اصلی اطلاعات شیمیایی را که ازپیشینیان خود دریافت کرده بودند.حفظ کردند وبا اضافاتی آنها را به شیمیدانان بعدی سپردند.
